Hijo único de Bonifacio Amerbach.
De 1549 a 1560 estudió en Basilea, Tubinga, Padua, Bolonia, Roma, Nápoles y Bourges.
En Espira realizó prácticas jurídicas.
Trabajó como profesor y abogado.
A partir de 1561, fue catedrático en la Universidad de Basilea y posteriormente su Rector en tres ocasiones (1566, 1580 y 1588).