Por su comportamiento brutal en Évora, al general Loison se le conoció en Portugal como Maneta ("el pingüino").
Su ejército había sido reforzado por 4.000 soldados que acudieron en gran parte para compensar a los hombres perdidos durante la invasión.
Debido al bloqueo británico, ahora era imposible para los puertos lusitanos vender sus mercancías a Inglaterra o Brasil.
Obedeciendo fielmente las órdenes de la junta gallega, Belesta retiró sus tropas para unirse a los demás ejércitos españoles.
Pero, una vez que los soldados se fueron, la administración portuguesa no tomó ninguna medida a favor del levantamiento.
Algunos funcionarios incluso escribieron a Junot para expresar su lealtad, y el gobernador militar decidió retirar la bandera nacional de la ciudadela.
Sólo el regimiento de caballería n.º 2, Reina, cuyo coronel no había obedecido las órdenes recibidas, logró escapar a Oporto.
La posesión de Lisboa , la ciudad más grande del país que también albergaba su único arsenal significativo, representó una gran ventaja para Junot frente a los portugueses.
Avril partió, pero a orillas del Guadiana se encontró con un cuerpo de milicianos españoles apoyados por la artillería.
Loison, juzgando que sus tropas eran demasiado débiles, no insistió y se retiró a Almeida.
Mientras tanto, estallaron disturbios en Lisboa durante la celebración anual del Corpus Christi el 16 de junio.
Se puso en batería la artillería y se dispuso a disparar contra la población, pero Junot, mostrando gran compostura en esta ocasión, logró despejar las calles y calmar a los habitantes, exigiendo luego que la procesión reanudara su curso habitual.
La intervención de Junot había ayudado a prevenir una masacre, pero Lisboa seguía sumida en la confusión.
Sobre todo, una flotilla británica que transportaba una fuerza expedicionaria comandada por el general Spencer merodeaba frente a la costa.
Las órdenes fueron transmitidas a los distintos comandantes franceses: Loison en Almeida, Avril en Estremoz, Maransin en Mértola y el general François Étienne Kellermann en Elvas.
Un informe confirmó que solo uno de los 20 correos enviados al general Loison había llegado a su destino.
El 22 de junio Avril marchó contra Villaviciosa, donde una compañía (la 86.ª línea) estaba sitiada por los lugareños.
Dejó una brigada al mando del general Jean François Graindorge en Setúbal y llegó a la capital sin incidentes.
Mientras tanto, Loison dejó en Almeida una guarnición de 1.200 hombres que no podían combatir en campo abierto.
Cerca de 200 soldados imperiales murieron durante la marcha, en su mayoría rezagados ejecutados por los campesinos.
Un contingente dirigido por un estudiante, Bernardo Zagalo, se presentó bajo los muros de Figueira da Foz y capturó la pequeña guarnición francesa.
Para Paul Thiébault hubo 8.000 bajas entre os defensores lo que el historiador Charles Oman considera excesivo.
Recibió un mensaje de Junot ordenándole que se uniera a él lo antes posible después del desembarco de una fuerza expedicionaria británica bajo las órdenes del general Arthur Wellesley el mismo día.