Una vez llegado a Edo, se reunió con el jefe de la armada del shogunato, Katsu Kaishū.
Kondō creó con los restos del Shinsengumi una nueva unidad a la que llamó el Kōyō-chimbutai (甲陽鎮撫隊), y partió con ellos de Edo el 1 de marzo.
A continuación se dirigieron a Katsunuma, un cruce de caminos estratégico donde se unen el Kōshū Kaidō y el Ome Kaidō, actualmente parte de Kōshū, Yamanashi.
Kondō Isami, que había logrado escapar a duras penas de la batalla, se encontró en abril, junto con los restos del Shinsengumi, rodeado por las fuerzas imperiales en Nagareyama y fue capturado.
El 17 de mayo fue decapitado por orden del nuevo gobierno en Itabashi.