[3][4] En 2016, el club inicio oficialmente sus actividades en el fútbol sala al inscribir un equipo en la División 4 de Gibraltar para la temporada 2016-17.
[9] Empezó su participación en la Primera División de Críquet 2017 con una victoria frente a Sovereign Rugby.
[13] empezó la segunda ronda venciendo a Sovereign Rugby,[14] luego no enfrentó a Bet 365 pues este se retiró al ser incapaz de completar un equipo.
[16] En la Copa de Gibraltar, enfrentó a Tarik en las semifinales y fue eliminado.
El primer gol en la historia del fútbol sala de Bavaria fue marcado por Dylan Casciaro.
[21] Luego del primer partido, ambos equipos volvieron a jugar el 24 de septiembre un encuentro que terminó empatado 4–4.
[22] Luego el 28 de septiembre jugó un tercer amistoso frente a Leo Bastion, el cual ganó por 8–3.
Este fue su primer partido frente a un equipo de División 1.
[31][32] El primer gol del club en la Futsal Rock Cup fue marcado por Ian Latin.
[39] Por otro lado, en la Futsal Rock Cup el club fue eliminado en primera ronda al perder por 8–2 contra Lynx.
[66] Bavaria disputó la Segunda División de Netball 2017-18 junto a clubes como Soho Magic, Marbella Jets, Tommy Hilfiger, Tradewise, Dining Fifty4, Piranhas y Gibdock.
El club inscribió un equipo en la Segunda División de Gibraltar para competir en la temporada 2021.
El equipo estaba integrado por los siguientes jugadores:[75] Al final de la temporada 2020-21 el club ganó la Segunda División y consiguió su ascenso.