Begoña es un nombre propio femenino de origen vasco.
El nombre puede provenir del latín Vecunia, nombre que quizá tuvo al poblado o asentamiento sito sobre una colina que domina el cauce de la ría del Nervión.
Según la tradición local, el término Begoña proviene de una anécdota: parece ser que la imagen de la Virgen fue hallada en la zona enterrada, de ahí vendría el nombre: Bego (debajo) oña (pie).
No obstante las varias explicaciones a través del euskera carecen de solidez.
[4] Otras fuentes aseguran que el nombre procede del dialecto vizcaíno del vascuence o euskera; lo cual no está reñido con que los orígenes del nombre latino estuvieran vinculados a una denominación autóctona similar previa a la llegada de los romanos.