Al ser hermano del factor Illán Suárez de Carbajal, cuya muerte a manos del virrey Blasco Núñez Vela se encargó de vengar durante la batalla de Iñaquito, ordenó a uno de sus sirvientes que ultimara a dicho mandatario, que se hallaba gravemente herido.
Luego fue asignado como corregidor del Cuzco de 1548 hasta su fallecimiento.
El escritor peruano Ricardo Palma lo hizo protagonista de dos de sus Tradiciones Peruanas: "La muerte del factor" y "La fruta del cercado ajeno".
Pero no hubo reconciliación y finalmente Almagro fue derrotado en la batalla de las Salinas en 1538.
Al estallar la rebelión de Gonzalo Pizarro en protesta de las Leyes Nuevas, se sumó a los rebeldes y actuó en la campaña contra el virrey Blasco Núñez Vela, el mismo que había asesinado a su hermano, el factor Illán Suárez de Carbajal.