En 1956, ingresó a la Sorbona como asistente y luego se convirtió en profesor en la Universidad de Estrasburgo en 1963.
El jurado está compuesto por Édouard Perroy, Roland Mousnier, Yves Renouard, Robert Boutruche y Michel Mollat du Jourdin, y Bernard Guenée es nombrado doctor en letras con la mención «muy honorable».
Durante la década de 1970, fue profesor invitado en prestigiosas universidades: Yale (1972-1973), Oxford (1974) y Princeton (1976).
Desde 1980, también fue director de estudios en la École Pratique des Hautes Etudes (IVa sección).
Bernard Guenée fue elegido en 1981 como miembro del Instituto (Academia de Inscriptions y Bellas Letras).