Posteriormente, participó en todas las campañas en Flandes de Felipe IV y su hijo Luis X (en 1303, 1304, 1313 y 1315).
Esta actividad militar era muy cara y empobreció a Bernardo VI, que tuvo que pedir un préstamo de 2500 florines de oro para pagar el funeral de su mujer.
Tras la muerte de Gaston VII, Vizconde de Béarn, su abuelo, mantuvo una larga guerra contra los Condes de Foix por disputas acerca del testamento.
El testamento favorecía a los condes de Foix y Bernardo rechazó su legitimidad.
El conflicto provocó una guerra no declarada entre las casas de Foix y Armagnac, que se extendería a lo largo de todo el siglo XIV.