Tomó el mando del Tercio viejo de Nápoles en Reutlingen y lo llevó hasta Viena para auxiliar al hermano del rey español, Fernando I de Habsburgo, destinado en el Sacro Imperio Germánico para hacer respetar su autoridad sobre los diferentes príncipes alemanes.
En 1549 luchó contra los oligarcas del Norte de Hungría (Csábrág, Léva, Murány en la actual Eslovaquia).
Más tarde en 1550/51 con su tercio apoyó la toma y fortificación de Szolnok (Hungría).
Tuvo que ceder la ciudad y retirarse a Transilvania; por esta acción, lo juzgaron y lo condenaron a muerte, pero consiguió salvarse gracias a la intervención del duque de Alba y de Felipe II, aunque tuvo que estar en prisión en el castillo de Trencsén/Trenčín hasta 1556.
Bernardo, en una salida para combatir al enemigo, fue herido y tomado como prisionero; se le intentó trasladar a Constantinopla, donde debería haber sido encarcelado en el Castillo Negro (cerca del Bósforo) hasta que llegara un rescate (supuestamente de mucho dinero, pues Bernardo era una persona de "calidad", como se decía entonces).