Estudió zoología en Viena bajo la dirección de Carl Claus (1835-1899), y en Leipzig bajo la de Rudolf Leuckart (1822-1898).
Obtuvo su doctorado en la Universidad de Leipzig con su disertación titulada Beiträge zur Entwicklungsgeschichte der Lepidopteren (Contribuciones a la historia del desarrollo de los lepidópteros).
[1][2] Uno de los aportes más importantes de Hatschek es la llamada "teoría de la larva trocófora", en la que explica que la trocófora es posiblemente la forma larval del ancestro común de casi todos los bilaterios y metazoarios, un organismo hipotético llamado "trocozoon" (que en su vida adulta era parecido a un rotífero).
[3][4] Otro gran aporte a la zoología fue su reorganización del phylum Coelenterata (actualmente Radiata) de Frey y Leuckart en tres phyla: Spongiaria (actualmente Porifera), Cnidaria y Ctenophora.
Sus obras más reconocidas tratan del desarrollo de distintos grupos de invertebrados, y son influenciadas por los trabajos del naturalista Ernst Haeckel (1834-1919).