En 1974 fue seleccionado en la primera posición del Draft de la NBA por los Portland Trail Blazers.
En 1979 firmó por los San Diego Clippers, con los que sólo pudo disputar 169 partidos en seis años.
En 1985 fue traspasado a los Boston Celtics y en su primer año allí ganó el premio a Mejor Sexto Hombre, convirtiéndose en el primer jugador en ser nombrado MVP y Mejor Sexto Hombre.
Este hecho se repetiría al año siguiente, logrando el récord de más partidos ganados consecutivamente por un equipo universitario, con 88.
Pero los Fighting Irish, con un gran Austin Carr, evitaron que el récord fuera más impresionante.
Walton siempre recordaría aquella derrota como la más dolorosa de su carrera deportiva.
[9] En 1973 recibió el premio James E. Sullivan al mejor deportista amateur de los Estados Unidos.
Su trayectoria en la NBA estuvo marcada por las lesiones, que le impidieron destacar aún más.
[14] Además jugó su único All Star, en el que consiguió 15 puntos y capturó 10 rebotes.
Los problemas físicos siguieron acompañando a Walton en su estancia en el equipo de su localidad natal.
[19] Jugó por fin sin dolor alguno por primera vez en su carrera, y parecía estar más feliz que nunca.
Después de que varios jugadores de este último equipo declarasen que les gustaría contar con un jugador como Walton para reforzar el juego de los hombres altos del equipo, Robert Parish y Kevin McHale, el presidente del equipo, Red Auerbach, accedió a sus deseos: traspasó a los Clippers a Cedric Maxwell y una primera ronda del draft a cambio del gran pelirrojo.
Jugando solamente 19,3 minutos por partido, promedió 7,6 puntos, 6,8 rebotes, 2,1 asistencias y 1,3 tapones cada noche.
[16] Durante la temporada solo sufrió una pequeña lesión, rompiéndose la nariz, la decimotercera de su carrera.
En el total de su carrera profesional anotó 6.215 puntos (13,3 por partido), consiguió 4.923 rebotes (10,5 p.p.)
Con su primera esposa, Susie, tuvo cuatro hijos: Adam, Nathan, Luke y Chris.