BioPerl

Con el fin de aprovechar BioPerl, el usuario necesita una comprensión básica del lenguaje de programación Perl que incluya una comprensión del uso de referencias, módulos, objetos y métodos.

La versión 1.6.0 es considerada la más estable (en términos de errores) y la versión de BioPerl se recomienda para el uso diario, se basa en Nightly Builds, también estable.

BioPerl ha desempeñado un papel integral en el Proyecto Genoma Humano.

Estas incluyen: Además de ser usado directamente por usuarios finales,[3]​ BioPerl también ha provisto de una base para una variedad de herramientas bioinformáticas, incluyendo entre otras: Nuevas herramientas y algoritmos de desarrolladores externos son con frecuencia integrados directamente en BioPerl:

Los módulos IO (entrada/salida) leen datos formateados y crean representaciones en memoria de los datos llamados objetos.