Maertens llegó al Club Brujas en 1994, pero debutó en el equipo titular recién el 9 de agosto de 2001, en un partido ante el Íþróttabandalag Akraness de Islandia por la Copa UEFA de ese año.
Con el Brujas en la Primera División de Bélgica, disputó 161 partidos, marcando un tanto.
En 2009 fue anunciado por la revista Voetbal International como el octavo mejor jugador de la Eredivisie esa temporada.
El 6 de enero de 2012, manifestó que por razones personales, no jugaría el resto de la temporada con el Heracles Almelo y no terminaría su contrato, volviendo a su país natal.
Maertens llevó en el Heracles un historial de 93 partidos jugados y dos goles anotados en la Eredivisie.