A continuación se trasladó a Roma (Italia) y allí se licenció e hizo una maestría en Teología por el Pontificio Colegio Norteamericano y la Pontificia Universidad Gregoriana.
Durante este tiempo estuvo residiendo una pequeña temporada en Sarajevo (Bosnia y Herzegovina).
Tras su ordenación, inició su ministerio pastoral como pastor asistente de la Iglesia Santa Margarita María e instructor de la Escuela Secundaria Pablo VI en Omaha hasta 1978.
Tras su nombramiento eligió su escudo y el lema: (en inglés: "Peace Be With You"- en español: "La Paz Sea Con Vosotros").
Elden Francis Curtiss y el entonces Arzobispo de Denver Mons.
Sustituye al cardenal "monseñor" Francis Eugene George que presentó su renuncia tras alcanzar el límite de edad.
[12][13] Cupich respondió diciendo que Viganò le dijo a Cupich en el momento de su nombramiento en Chicago que era «una noticia de gran alegría», y que Viganò lo felicitó y le expresó su apoyo.
[16] En una entrevista con WMAQ-TV ese mismo día, Cupich dijo: «El Papa tiene una agenda más amplia.
Cupich declaró más tarde que sus comentarios no se referían a los abusos cometidos por el clero, que deben ser expuestos, denunciados, disculpados y terminados.
[17][18][19] Cuando se le preguntó sobre aquellos que critican al Papa, Cupich respondió: «Francamente, tampoco les gusta porque es latino», en aparente referencia a que Francisco nació y creció en Argentina, aunque sus padres eran inmigrantes a ese país de Italia septentrional.