Su padre, Pieter de Smet, quien ya era conocido por la versión latinizada de su nombre, Petrus Vulcanius ("el herrero"), fue fiscal general del Gran Consejo de Mechlin y contó a Erasmo entre sus amigos.
Él dio a su hijo una educación completa, y Bonaventura estudió primero en Gante, luego dos años de medicina en la Universidad de Lovaina, y, finalmente, filosofía y literatura en Colonia con George Cassander.
Allá Vulcanius obtuvo una cátedra de griego en Colonia (aunque él nunca llegó a enseñar), luego trabajó para el impresor Henri Estienne de Ginebra, y para el editor Johann Froben de Basilea.
En 1577 regresó a su país natal, Flandes, y se convirtió en secretario y tutor familiar de Marnix van Sint Aldegonde, diplomático, burgomaestre de Amberes y amigo de Guillermo el Taciturno.
En 1578 fue nombrado profesor de latín y griego en la Universidad de Leiden, a donde llegó tras años más tarde, en 1581, y donde durante 30 años enseñó a 'la futura élite de la República holandesa', entre ellos Daniel Heinsius y Hugo Grotius.