Siendo diácono, Bonifacio ya llamó la atención de Gregorio I, quien lo describió como "de probada fe y carácter" y le nombró apocrisiario (legado o nuncio papal) en la corte bizantina en el 603.
Juan, habiéndose encontrado a salvo en Córcega, no estaba contento de servir bajo el obispo Alcison, por el contrario, conspiró para usurpar su autoridad episcopal.
En un golpe de genialidad diplomática, Bonifacio se las ingenió para reconciliar a todas las partes, manteniendo la confianza del emperador.
En cualquier caso, una vez accedió al cargo, convocó un concilio en Roma en el que efectuó dos cambios importantes en lo concerniente a la elección papal: Lo anterior indica que Bonifacio tenía una seria intención de mantener libres de interferencias externas las elecciones papales.
Aunque algunas fuentes citan como evidencia que Bonifacio fundó la Iglesia católica, este decreto simplemente afirmó una visión planteada hacía mucho tiempo por Justiniano I, quien había dado reconocimiento legal a la primacía del pontificado romano.