Los corsarios y piratas hicieron de Borj El Kebir su guarida durante varios siglos.
Entre 1560 y 1567, el caíd Ghazi Mustapha Bey, instalado por Turgut Reis para convertir la isla en una base naval, completó las obras de remodelación emprendidas por la expedición de Juan de la Cerda, añadiendo apartamentos y una pequeña mezquita.
La puerta de entrada tiene un puente levadizo sobre un foso que aísla la estructura.
Da acceso a un vestíbulo que se abre al patio interior.
Otros objetos históricos encontrados en el lugar durante las excavaciones de 1975 (que condujeron al descubrimiento del fuerte primitivo) se exhiben en una sala acondicionada como un anticuario con paneles explicativos.