Sus anteriores equipos han sido el Real Murcia, elReal Oviedo, el Rayo Vallecano, AD Alcorcón y de las categorías inferiores del Real Madrid entre otros clubes.
Borja Gómez se crio en las categorías inferiores del Real Madrid, aunque a partir de 2007 tuvo que buscarse la vida lejos de la casa blanca.
Incluso probó suerte en el extranjero, en el Karpaty de la liga ucraniana.
Después de su experiencia internacional volvió a España para jugar en el Granada, el Hércules y el Lugo.
En enero de 2017, tras recibir la baja del Real Oviedo en verano de 2016, se incorpora a las filas del Real Murcia del Grupo IV de la Segunda B para volver a retomar el fútbol.