El primitivo asentamiento se encontraba en la isla del Vizcaíno, pero ante las continuas inundaciones y ataques de los charrúas, la población se trasladó en 1680 a la costa del actual territorio argentino.
En el Yaguarí, durante la guerra del Brasil, se produjo un enfrentamiento el 29 de diciembre de 1826 entre la escuadra argentina al mando del almirante Guillermo Brown y la Tercera División Imperial brasilera al mando de Sena Pereira.
Brown envió como parlamentario al comandante de la goleta Sarandí, John Halstead Coe, intimando su rendición, pero Sena Pereira lo tomó prisionero, por lo que dio inicio al combate.
Estos últimos se retiraron hacia el norte, hasta Concepción del Uruguay (entonces llamada también Arroyo de la China), donde consiguieron alimentos.
El capitán Pedro Millán entre 1683 y 1685, trasladó la reducción de Yaguarí Miní a la isla del Vizcaíno.