Pese haber nacido en Quito, su infancia la transcurrió en Esmeraldas, lugar donde fue asignado su padre, a causa de su carrera militar.
Urbe en la cual, seguidamente, fundó la Academia de Medicina del Guayas.
En 1885, al comenzar en el Ecuador el período político - gubernamental conocido como “Progresismo” concurrió al Congreso Nacional en calidad de diputado por la provincia del Guayas, donde destacó como orador y duro crítico del régimen del presidente José María Plácido Caamaño, estableciendo causa común con su hermano Francisco José Borja Lavayen, sublevado en armas junto a su compañeros revolucionarios liberales, el vinceño Nicolás Infante Díaz, Emilio Estrada Carmona, Marco Alfaro, José Gabriel Moncayo y Eduardo Hidalgo Arbeláez, quienes integraban el comando del conjunto insurgente liberal conocido, según los llamó Infante, como el escuadrón “Húsares de Chapulo” o simplemente “los Chapulos”.
En 1895, al irrumpir la Revolución liberal de Ecuador fue convocado a integrar al comité que recibió a las tropas de los generales Plutarco Bowen, José María Sáenz y Delfín Treviño, conocidos como los “Montoneros”.
Asimismo, ese año pasó a ejercer el Ministerio de Relaciones Exteriores.
Contrajo matrimonio con su prima segunda Ángela Febres-Cordero Lavayen, con quien procreó los siguientes hijos: