En 1876 se convierte en presidente del Estado de Cauca debido a una forzada alianza entre el sector radical que lideraba y el sector mosquerista, para evitar la llegada al poder de los conservadores liderados por Carlos Albán.
Conto se enfrentó con los otros líderes liberales como Julián Trujillo debido al extremismo de sus ideas.
Estuvo muy comprometido con los conflictos educativos que desembocaron en la Guerra Civil de 1876-1877.
[2] En 1877 manipuló las elecciones para convertir a su secretario Modesto Garcés en su sucesor en la presidencia estatal, en detrimento de los liberales mosqueristas.
Siendo Presidente del Estado contó con su primo Jorge Isaacs como Superintendente de Instrucción Pública.