Cézembre fue habitada por ermitaños durante siglos y llegó a albergar un monasterio.
Vauban fortificó la isla al final del siglo XVII, siendo utilizada después como lugar de cuarentena.
Durante la Primera Guerra Mundial, el ejército belga instaló una compañía disciplinaria en Cézembre.
Durante la Segunda Guerra Mundial, las fortificaciones de la isla fueron consolidadas por los alemanes como parte del Muro del Atlántico.
La isla todavía no está totalmente libre de bombas, y por esta razón la mayor parte (exceptuando la playa) constituye una zona prohibida al público.