Fue fundado en el año 2010 y jugó en la Liga de Ascenso de Honduras entre 2011 y 2015.
El Alianza Becerra fue fundado en el año 2010 por Pedro Antonio García, en ese entonces alcalde de San Francisco de Becerra.
El club inició de manera semiprofesional en la Liga Mayor de Fútbol de Honduras y para fortuna del mismo el siguiente año (2011) se convirtió en uno lleno de éxitos; pues el club consiguió adjudicarse tres títulos, así como el ascenso a la Liga de Ascenso de Honduras.
El 18 de enero de 2016 se anunció el cambio de sede del equipo, desde San Francisco de Becerra hacia Juticalpa, luego de que el empresario Samuel García Salgado, antiguo presidente del Juticalpa Fútbol Club, adquiriera la franquicia por un monto cercano a US$ 10.000, al igual que una inversión inicial superior a los US$ 100.000, dándole paso a la creación del Olancho Fútbol Club,[1] lo que provocaría su desaparición.
El Alianza Becerra jugaba sus partidos locales en el Estadio Alfredo Hawit Banegas, ubicado en San Francisco de Becerra.