Luego se jugó una segunda etapa, donde se dividieron en 2 hexagonales: El primer hexagonal jugaron los 6 mejores ubicados en la tabla general y jugaron la Grupo 1 de la Segunda etapa; y, el segundo hexagonal donde jugaron los 6 peores ubicados para jugar la Grupo 2 de la Segunda etapa, donde los 2 últimos perdieron categoría, más el Estibadores Navales de la ciudad de Manta que decidió no participar la Segunda División, perdió la categoría automáticamente y finalmente desapareció 2 años después en 1970.
Para la segunda etapa, los 6 primeros fueron ubicados en el grupo uno, en la que pelearon por no descender.
El mérito especial de este sistema fue que los equipos acumularon para la segunda el puntaje obteniendo en la primera etapa.
Por primera vez cuatro equipos provenientes de la Segunda División ascendieron al Campeonato Ecuatoriano.
PJ = Partidos jugados; PG = Partidos ganados; PE = Partidos empatados; PP = Partidos perdidos; GF = Goles a favor; GC = Goles en contra; DG = Diferencia de gol; PTS = Puntos NOTA: Para determinar los descendidos se tomó en cuenta la posición de la tabla general de la Primera etapa más del Grupo 1 de la Segunda Etapa.