Los dos mejores ubicados en cada uno de los grupos clasifican a la segunda etapa, consistente en semifinales y una final jugada a dos partidos cada uno, ganando una llave aquel equipo con mayor cantidad de goles anotados.
Debido a que Olimpia finalizó en los 4 mejores puestos en ambas fases, el octavo lugar fue tomados por el mejor ubicado en la tabla de puntaje acumulado fuera de los ya clasificados, Presidente Hayes.
En la primera etapa, los 8 equipos fueron divididos en dos grupos, donde jugarían una liguilla a una vuelta.
Si hubiera un empate en esta cantidad, se jugaría un partido de desempate adicional para dirimir al ganador.
Tras empatar 2:2 en el marcador global y ganar en tandas de penales 3:2, Olimpia clasificó a la Copa Libertadores 1993.