Los 6 mejores clasificados al final de la primera fase pasan a la siguiente.
Pos=Posición; PJ=Partidos jugados; PG=Partidos ganados; PE=Partidos empatados; PP=Partidos perdidos; GF=Goles a favor; GC=Goles en contra; Dif=Diferencia de gol; Pts=Puntos Guaraní y Olimpia terminaron en segundo lugar en el Torneo Apertura y Clausura respectivamente, por lo que tuvieron que jugar un partido para definir el segundo cupo para la Copa Libertadores 2004.
Con un marcador global de 4:3 a favor, Guaraní clasificó a la Copa Libertadores 2004 Los 4 mejores equipos ubicados al final del Torneo Clausura (fuera de los otros clasificados) disputaron una liguilla entre los 4.
Olimpia ingresó con un punto de bonificación por ser el equipo mejor ubicado al final del Torneo Clausura que participaba en la liguilla Pos=Posición; PJ=Partidos jugados; PG=Partidos ganados; PE=Partidos empatados; PP=Partidos perdidos; GF=Goles a favor; GC=Goles en contra; Dif=Diferencia de gol; Pts=Puntos Primeramente, se indican los parámetros utilizados para determinar el tipo de clasificación que tiene cada equipo para el siguiente año, y en qué consisten.
De haber persistido la igualdad, se debían ejecutar tiros desde el punto del penal.