El Campeonato Uruguayo de Segunda División 2006 fue el torneo de segunda categoría, correspondiente a esa temporada del fútbol uruguayo.
Se hizo un torneo especial para adaptarse al sistema de "temporada europea" (la temporada deportiva considerada desde julio a junio del siguiente año).
Para ello, se disputó este torneo con sistema de todos contra todos a una sola ronda, durante el primer semestre de 2006.
Los cuatro mejores clasificados definieron en una ronda de play-offs.
Sólo el campeón adquiría el derecho al ascenso para la temporada 2006-07 de Primera División.