El primero de la temporada, denominado Apertura 1999 fue ganado fue Sacachispas Fútbol Club.
Si el ganador del Torneo Apertura y el Clausura fuera el mismo equipo, sería el campeón.
Este torneo tuvo la particularidad de que entregó un solo ascenso, obtenido por el campeón.
Al final de la temporada, el equipo con el peor promedio fue suspendido en su afiliación por un año.
Se disputaron tres partidos entre los respectivos ganadores del Apertura y el Clausura.