La Copa Campeonato 1906 fue el decimoquinto torneo de Primera División.
El campeón Alumni Athletic Club, ganador del Grupo B, venció en la final del campeonato al ganador del Grupo A, el Lomas Athletic Club.
De esta manera, los participantes aumentaron a 11 equipos.
Por primera vez, el campeonato no se disputó bajo el sistema de todos contra todos, sino que se dividió en 2 zonas de 5 y 6 equipos, donde en cada una se enfrentaron bajo el sistema antes mencionado a 2 ruedas.
El ganador de cada zona jugó la final para definir al campeón.