Como en las temporadas anteriores, en el segundo semestre del primer año se disputó el Torneo Apertura 2006, y en el primer semestre del segundo año, el Torneo Clausura 2007, consagrando cada uno a su propio campeón.
Cada fase del campeonato fue un torneo independiente, llamados respectivamente Apertura y Clausura.
Lo jugaron Boca Juniors y Estudiantes de La Plata, que habían finalizado el torneo empatados.
Los 2 cupos restantes, que clasificaron a la primera fase, fueron para el segundo y el tercero mejor ubicado de esta tabla.
Por segunda vez en el historial, perdieron la categoría cuatro equipos en la misma temporada, ya que Belgrano y Quilmes descendieron directamente a la Primera B Nacional, mientras que Godoy Cruz y Nueva Chicago también lo hicieron al perder sus respectivas promociones.