El complejo del campo de Vaivara era comandado por oficiales nazis (Hans Aumeier, Otto Brennais y Franz von Bodman) y consistía en unos 20 subcampos, algunos de los cuales existieron solo por cortos períodos.
Durante la ocupación por la Alemania Nazi, Estonia pasó a formar parte del Reichskommissariat Ostland, una división administrativa civil alemana que gobernaba los países bálticos y el oeste de Bielorrusia.
También llegaron, en menor cantidad, de Estonia, Rusia y Rumania.
Del 19 al 23 de septiembre de 1944, el campo fue rodeado por guardias que comenzaron a masacrar sistemáticamente a los prisioneros restantes en un bosque cercano.
[4] Más tarde, ese mismo año, el Presidente de Israel Moshe Katsav colocó una ofrenda floral en el sitio del campo, durante una gira diplomática por los países bálticos.