En el año 2000 tenía una población de 2,257 habitantes y una densidad poblacional de 672.4 personas por km².
Canajoharie se encuentra ubicada en las coordenadas 42°54′11″N 74°34′16″O / 42.90306, -74.57111.
[2] Según la Oficina del Censo en 2000 los ingresos medios por hogar en la localidad eran de $32,169, y los ingresos medios por familia eran $44,250.
Los hombres tenían unos ingresos medios de $30,476 frente a los $24,125 para las mujeres.
La renta per cápita para la localidad era de $17,850.