Está ubicado sobre el valle del río Misahuallí y está situada a una altitud de 577 m s. n. m., en la Región Amazónica del Ecuador.
El pueblo indignado por la explotación de indígenas incendió la ciudad.
Luego de los enfrentamientos Archidona se quedó despoblada y fue en 1638 (con la entrada de los Jesuitas), que se reconstruyó la ciudad y se convirtió en la ciudad más importante de la Amazonía.
Archidona fue la entrada de las misiones religiosas del Napo, Mainas y Marañón.
Los Jesuitas conservaron esta parroquia hasta 1768, fecha de su expulsión.