Carlos Alberto Aguilar curso sus estudios de preparatoria en el Centro Universitario México (1980-1986).
Durante estos años, su trabajo aportó conocimientos sobre los mecanismos que explican los niveles de colesterol en plasma en pacientes con mutaciones en el gen de la apolipoproteína B, en el síndrome nefrótico y en la hiperlipidemia familiar combinada.
Posteriormente adquirió el grado de doctorado en investigación médica (2009-2013) en el Instituto Politécnico Nacional.
Fungió como profesor adjunto al curso de posgrado para médicos especialistas en Diabetología y Metabolismo en el Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición del 2001 al 2006.
[8] Logró la identificación de nuevas variantes genéticas asociadas a las dislipidemias en mestizos mexicanos.