Hernández se convirtió en jugador profesional en 1984 y se desempeñó principalmente como receptor durante toda su carrera beisboística.
Para 1997 se encontraba en los Padres de San Diego como receptor regular, un año después fue a la Serie Mundial.
En 2000 fue traspasado a los Cardenales de San Luis para sustituir a Mike Matheny, pero en 2002 tuvo que abandonar su carrera tras sufrir una lesión en la espalda.
En su primera temporada el equipo no obtuvo buenos resultados, pero en la 2007-2008 fueron peores y el equipo no se clasificó al Round Robin, por tal motivo la directiva del club decidió cambiar algunos jugadores, su presidente y el mánager.
En el 2009 Hernández se radica e San Diego donde dirige el restaurant venezolano "Caribbean Flavor".