Fue separada de Ana Sofía cuando su hermano ascendió al trono en 1730.
Carlota Amalia fue descrita por sus contemporáneos como poseedora de un carácter encantador, con la capacidad de mantener la paz con la mayoría de las personas: tuvo una relación buena con su padre y su madrastra, e igualmente con su hermano Cristián VI, quien llegó a odiar a estos últimos dos.
Carlota Amalia no tuvo ninguna influencia en asuntos de estado, y vivió una vida pacífica en la corte.
Como Carlota Amalia prefería usar pelucas negras, y ordenó a sus sirvientes que las usaran también, su corte pasó a ser conocida como "La corte de las pelucas negras".
El palacio de Charlottenlund, donde pasó sus veranos, fue construido en 1731-1733 y llamado como Carlota Amalia.