[2] Se trata de una especie de relativa gran talla en comparación con otras del mismo género, lo que permite distinguirle con facilidad de las simpátricas Carollia castanea, C.subrufa y C.benkeithi, así como de C.brevicauda, aunque esta última es la más similar.
Este rasgo permite distinguirlo de Carollia colombiana, cuyo pelo dorsal es tetracolor.
De C. sowelli se puede distinguir porque este último no tiene el antebrazo tan densamente peludo como C.manu.
Las diferencias externas con C.perspicillata radican en el pelaje más denso del de Manú, que también tiene la tibia más larga.
En cualquier caso, para asegurar el diagnóstico debe recurrirse a caracteres dentales y craneales.