Este fue construido en lo que era el edificio de la primera estación de trenes, estación Los Vilos-Puerto,[1] que tuvo la localidad en 1898.
[2] La zona de Los Vilos contaba con una estación de ferrocarriles desde 1898, siendo un ramal que conectaba a la localidad con Choapa y la estación homónima.
[3][6][7] Sin embargo, debido a la decisión de la construir el trayecto costero del Longitudinal Norte, que parte desde la estación Longotoma hasta Los Vilos, se construye una segunda estación en la zona, la estación Los Vilos ubicada en la zona interior de la localidad.
[13] La licitación fue adjudicada, pero debido a la falta de fondos, el proyecto quedó detenido por tres años; luego a través del CORE se lograron recaudar cerca de 600 millones de pesos chilenos para poder terminar la obra.
[16] Este centro es un nuevo edificio, y la estación antigua fue remodelada para alojar una sala de exhibiciones.