Para su examen profesional, por su parte, realizó la Descripción geognóstica y el plano geográfico del Real de Minas de Guanajuato.
Para 1810, cuando Miguel Hidalgo ocupó Guanajuato, nombró a Chowell Coronel y Jefe del Regimiento de Infantería, con el que se dedicó a cuidar el orden de la ciudad.
Cuando Ignacio Allende fue derrotado en la Batalla de Aculco, y éste regresó a Guanajuato, ambos decidieron defender la ciudad.
Gracias a los espías con los que contaba Félix Calleja, evitó la resistencia y se internó por Jalapita, hacia las minas de Santa Ana, con dirección a Valenciana, donde pernoctó con sus fuerzas el 24 de noviembre.
Murieron junto a él, el mayor del mismo regimiento Ignacio Ayala, hermano de la esposa de Chowell y Ramón Fabié.