[1][2] Nació en Dresde, hijo de Caspar Füger, el Viejo, predicador luterano de la corte de la duquesa Catalina de Sajonia en Torgau en ese momento.
Asistió a la escuela Fürstenschule de Meissen desde 1575, donde aprendió música con Wolfgang Figulus, y estudió en la Universidad de Leipzig a partir de 1581.
En 1583 se trasladó a la Universidad de Wittenberg, donde adquirió el grado académico de Maestro en Filosofía en 1584.
Como luterano, se opuso a las aspiraciones calvinistas predominantes y fue despedido.
[1] Solo ha sobrevivido una obra de Füger: la colección Christian Verß und Gesenge, Lateinisch und Deutsch [Canto y verso cristiano, latín y alemán] publicada por su padre en 1580, que consta de tres canciones polifónicas compuestas por el hijo.