Los terrenos del castillo están protegidos como Sitio Histórico Nacional por el gobierno japonés[1] El primer castillo erigido en este lugar data del periodo Muromachi medio, cuando Shiba Kaneyori se estableció domo señor del área circundante de la Provincia de Dewa y construyó una residencia fortificada en el lugar de lo que hoy es el patio principal del castillo de Yamagata.
Durante la restauración Meiji el castillo estaba en manos del clan Mizuno.
Cuando en 1871 se abolieron los dominios feudales el de Yamagata se convirtió en la Prefectura de Yamagata y, en 1872, los terrenos del castillo fueron vendidos al gobierno y empleados como base del 32º Rgto.
El año 2004 se restauró la cantería de la puerta Inchimon y en 2006 un puente que conducía al recinto principal.
Están en marcha restauraciones e investigaciones arqueológicas, y la ciudad de Yamagata planea restaurar en la medida de lo posible el castillo a su aspecto pre-Edo para el año 2033.