Algunos autores como Juan Eslava Galán (1999) sostienen que el nombre Muña derivaría del árabe hispánico, almunia.
Ello impide determinar si se trata de una torre vigía aislada o bien de un pequeño castillo rural del que solo se conservase su torre del homenaje, posibilidad factible dado su gran tamaño.
En época romana se reutilizó parte de esta estructura ibérica, definiéndose una villa Alto y Bajoimperial.
De la época islámica se han hallado restos materiales emirales, como una Qarya o pequeña aldea.
No se han hallado materiales del siglo XII y XIII, si bien el profesor Juan Carlos Castillo Armenteros no descarta que el norte de la meseta en la que se asienta el cortijo estuviera ocupado en esta época.