El toponímico Cenotillo es diminutivo de Cenote, que proviene de la palabra dzonot (idioma maya).
Declarada la independencia de Yucatán la población se erigió en cabecera del municipio teniendo bajo su jurisdicción a 3 pueblos anexos: Tixbacab, Sucilá, Panabá.
En Cenotillo se encuentran dos templos, uno en el que se venera a Santa Clara y en el otro, a la Virgen de la Natividad, ambos construidos en el siglo XVII.
Se encuentra también, en las cercanías, el casco de la exhacienda Tixbacab.
En las inmediaciones de Cenotillo se encuentran vestigios arqueológicos de la cultura maya precolombina en el sitio conocido como Tzebtún.