Cuando el tren presidencial se detuvo en Querétaro, la estación seguía en construcción.
[4] En 1908, al final del gobierno porfirista, se crea la compañía gubernamental Ferrocarriles Nacionales de México, que constituye la primera nacionalización de los ferrocarriles por su valor estratégico.
[5] En 1979 Inicio la construcción de viá doble electrificada para el ferrcocarrill eléctrico de por parte del gobierno mexicano, incluyó dentro del proyecto participación japonesa, inglesa y francesa.
Tras ser privatizada la red ferrocarrilera en 1996 por el expresidente Ernesto Zedillo, en 1997 Kansas City Southern de México decide finalizar operaciónes del estación con el sistema del Tren Eléctrico de Pasajeros México-Querétaro.
En la planta alta del edificio, que era la sala de despachadores, se colocó una maqueta de estaciones y trenes antiguos a escala, la cual fue realizada por la asociación Amigos del Ferrocarril.