Inicialmente este centro contó con un edificio de 3.500 metros cuadrados.
En el año 2002 se instaló por vez primera en un buque el simulador táctico “GALEON”, con el objetivo de instruir a los oficiales en táctica naval y procedimientos normalizados.
Finalmente, en el año 2007, se puso en marcha un programa de modernización que para incrementar algunas capacidades del Centro del Programas Tácticos y de Instrucción y Adiestramiento de la Flota.
En el año 2010 se separan el CPT y el CIA.
El CIA se queda en Rota ejerciendo sus funciones de Instrucción y adiestramiento como CIAFLOT bajo dependencia del COCEVACO.