[1] La presencia de Chilenosuchus en los lechos rocosos en que se encontró entra en conflicto con la edad inferidad para esos estratos.
Los fósiles de plantas e invertebrados sugieren que se remonta hasta el final del Carbonífero o inicios del Pérmico,[2] pero Chilenosuchus es un aetosaurio, un grupo cuyos primeros miembros aparecieron durante el Triásico Superior.
Fotografías de baja calidad del espécimen original y la aparente carencia de material sustancial no permitieron una clasificación definitiva del espécimen, por lo que inicicalmente hubo mucha controversia sobre si el fósil era o no un verdadero aetosaurio.
Sin embargo, una revaluación publicada en 2003 tras la relocalización del material mostró que en efecto era un aetosaurio y que los estratos databan del Triásico.
[4] Sin embargo, dado que tiene varias otras diferencias con otros aetosaurios, la posición de Chilenosuchus dentro de la familia Stagonolepididae seguirá siendo incierta hasta que se halle más material.