El dominio español de California trajo algunas consecuencias negativas tanto en lo cultural como en lo demográfico para las tribus nativas americanas.
Los misioneros que estuvieron en estas misiones estaban acostumbrados al intercambio comercial.
Las respuestas fueron variadas en su longitud, espíritu e incluso en el valor de la información que contenían.
Los indios pasaban asimismo mucho tiempo aprendiendo sobre distintos aspectos del cristianismo y atendiendo a misas y otros servicios religiosos varias veces al día (fray Gerónimo Boscana, un estudiante Franciscano que habitó en la misión de San Juan Capistrano durante más de una década desde 1812, compiló el que es el más amplio estudio de prácticas religiosas precolombinas en el valle de San Juan Capistrano.
Cuando se produjo la independencia de México esto afectó en primer lugar a las misiones franciscanas que gestionaban las fortificaciones y que quedaron bajo cargo del nuevo gobierno independiente mexicano.
Supuestamente se les garantizaba que la podían abandonar para visitar sus lugares de origen durante el año y participar en celebraciones de su lugar de origen many ceremonies and celebrations throughout the year at the urging of their benefactors.