Mientras estudiaba murió su madre, por lo que volvió a la Staatskapelle para estudiar música y fue recomendado como amanuense del compositor Antonio Lotti, lo que para él fue un gran honor.
[3][4] Más tarde, Schröter trabajó como secretario y asociado musical de un hombre desconocido, con quien viajaría por Alemania, Países Bajos e Inglaterra.
Schröter se establecería más tarde en 1724 en Jena, donde impartiría conferencias abiertas sobre teoría musical en la Universidad de Jena.
En 1726 se convirtió en organista en la iglesia de St.
Residiría en Minden hasta 1732 cuando viajó a Nordhausen, donde continuaría siendo organista de la Iglesia de San Nicolás hasta su muerte en 1782.