Cianina

[2]​ R2N+=CH[CH=CH]n-NR2 (I) Aryl=N+=CH[CH=CH]n-NR2 (II) Aryl=N+=CH[CH=CH]n-N=Aryl (III) Adicionalmente, estas tres categorías también son reconocidas [3]​ R2N+=CH[CH=CH]n-CN and R2N+=CH[CH=CH]n-CHO Las cianinas fueron sintetizadas hace más de 100 años.

[3]​ Las cianinas también han sido usadas en la producción de discos compactos CD-R y DVD-R.

Estas cianinas especiales son sintetizadas a partir de las estructuras 2,3,5 o 7-metina con grupos reactivos en uno o ambos terminales de nitrógeno para que puedan unirse químicamente a ácidos nucleicos y proteínas.

[6]​ Las cianinas estan disponibles con diferentes modificaciones como sustituyentes metilo, etilo o butilo, grupos carboxilo, acetilmetoxi y sulfo que alteran su hidrofilicidad.

PM: Peso molecular RC: Rendimiento cuántico * Depende fuertemente de la viscosidad, temperatura e interacciones biomoleculares.

Cambios en la conformación de las proteínas a la cuál esta unido podría producir tanto un aumento como una disminución del quenching.

Estas variaciones hacen casi imposible usar computadores para automatizar la adquisición de datos luego que la separación esta completa.

[14]​ Cy3 puede ser detectada por varios fluorómetros, cámaras y microscopios con filtros estándar para tetrametilrodamina (TRITC).

Muchos análogos de las cianinas estándar Cy 2 / 3 / 3.5 / 5 / 5.5 / 7 / 7.5 han sido desarrollados usando diversas modificaciones.

De esta forma, hoy se pueden encontrar tinciones idétincas a las Cy en el mercado pero con otros nombres.

En el paper original, el numero designa la cuenta de metinos, y las cadenas laterales quedaban sin especificar.