Acumuló una importante biblioteca especializada en Cervantes y murió antes de ver completamente impresa su edición crítica del Quijote.
Primera edición crítica con variantes, notas y el diccionario de todas las palabras usadas en las novelas Madrid: Victoriano Suárez, 1905-1913, 6 vols.
La obra quedó interrumpida a la muerte de su autor en 1911, pero fue retomada sin embargo por los señores Givanel y Suñé, que tomaron sobre sí el esfuerzo de redactar las notas que quedaron pendientes; el diccionario no llegó a publicarse.
La obra era muy ambiciosa: anunció un aparato crítico que cotejaba 26 ediciones diferentes, listas de variantes, notas abundantísimas, etc., pero la obra perdió casi todo su crédito principalmente por cuatro causas: la animadversión directa de Cortejón hacia Diego Clemencín y otros comentaristas le llevó a forzar lecturas sin justificación alguna, los comentarios resultan largos y muchas veces extemporáneos, se autoatribuyó ideas y soluciones que resultan no ser suyas y dejó de explicar muchos de los cambios introducidos y de justificar lecturas modernizadas, entre otras razones que hacen incómodo el uso de su edición.
No es la menos importante el hecho, capital para evaluar el rigor filológico de su edición, de no haber expuesto claramente en la introducción a su obra los criterios ecdóticos seguidos.